軟件著作權(quán)登記有著很重要的意義和作用，主要體現(xiàn)在以下幾點：
作為稅收減免的重要依據(jù)
財政部、國家稅務(wù)總局《關(guān)于貫徹落實〈中共中央、國務(wù)院關(guān)于加強技術(shù)創(chuàng)新，發(fā)展高科技，實現(xiàn)產(chǎn)業(yè)化的決定〉有關(guān)稅收問題的通知》規(guī)定：“對經(jīng)過國家版權(quán)局注冊登記，在銷售時一并轉(zhuǎn)讓著作權(quán)、所有權(quán)的計算機軟件征收營業(yè)稅，不征收增值稅?！?
作為法律重點保護的依據(jù)
《國務(wù)院關(guān)于印發(fā)鼓勵軟件產(chǎn)業(yè)和集成電路產(chǎn)業(yè)發(fā)展若干政策的通知》第三十二條規(guī)定：“國務(wù)院著作權(quán)行政管理部門要規(guī)范和加強軟件著作權(quán)登記制度，鼓勵軟件著作權(quán)登記，并依據(jù)國家法律對已經(jīng)登記的軟件予以重點保護。”比如：軟件版權(quán)受到侵權(quán)時，對于軟件著作權(quán)登記證書司法機關(guān)可不必經(jīng)過審查，直接作為有力證據(jù)使用；此外也是國家著作權(quán)管理機關(guān)懲處侵犯軟件版權(quán)行為的執(zhí)法依據(jù)。
作為技術(shù)出資入股
《關(guān)于以高新技術(shù)成果出資入股若干問題的規(guī)定》規(guī)定：“計算機軟件可以作為高新技術(shù)出資入股，而且作價的比例可以突破公司法20%的限制達到35%”。甚至有的地方政府規(guī)定：“可以100%的軟件技術(shù)作為出資入股”，但是都要求首先必須取得軟件著作權(quán)登記。
作為申請科技成果的依據(jù)
科學(xué)技術(shù)部關(guān)于印發(fā)《科技成果登記辦法》的通知第八條規(guī)定：“辦理科技成果登記應(yīng)當(dāng)提交《科技成果登記表》及下列材料：（一）應(yīng)用技術(shù)成果：相關(guān)的評價證明（鑒定證書或者鑒定報告、科技計劃項目驗收報告、行業(yè)準(zhǔn)入證明、新產(chǎn)品證書等）和研制報告；或者知識產(chǎn)權(quán)證明（專利證書、植物品種權(quán)證書、軟件登記證書等）和用戶證明”。這里的軟件登記證書指的是軟件著作權(quán)的登記證書和軟件產(chǎn)品登記證書，其他部委也有類似規(guī)定。
企業(yè)破產(chǎn)后的有形收益
在法律上著作權(quán)視為“無形資產(chǎn)”，企業(yè)的無形資產(chǎn)不隨企業(yè)的破產(chǎn)而消失，在企業(yè)破產(chǎn)后，無形資產(chǎn)（著作權(quán)）的生命力和價值仍然存在，該無形資產(chǎn)（著作權(quán)）可以在轉(zhuǎn)讓和拍賣中獲得有形資金。
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